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위에 인쇄 된 1, 3 줄의 좌표와 일치 하는 조각을 제거 합니다. 침대 그래프 파일 및 새 파일을 생성 합니다. 각 미끼에 대해이 작업을 수행 하는 것을 잊지 마십시오. RE 조각의 경우 예를 들어 reduced_genome 스크립트에서 생성 된 파일을 사용 하 여 예제 데이터 (CD83_HindIII)를 사용 하 여 2 개의 복제와 함께 1 조건에 대 한 상호 작용을 분석할 수 있습니다. 4C-ker의 입력은 chr 시작을 가진 4 개의 열 탭으로 구분 된 카운트 파일입니다. 관찰 된 단편 당 끝 및 개수입니다. 파일 확장자는 IGV 게놈 브라우저에서 상호 작용 프로 파일을 시각화 하기 위해 `. 베드 그래프 ` 라는 이름을 지정할 수 있습니다. 이미 카운트 파일을 3 단계로 건너 뛰는 경우에는 4C-Seq FASTQ 파일이 감소 된 게놈에 매핑될 수 있습니다 (1-2 단계 참조). Bowtie2 read의 SAM 출력을 사용 하 여 디렉토리에 대 한 인수를 가진 sam_bedGraph 파일을 사용 하 여 RE 조각 당 읽기 수를 가진 카운트 파일 (. 베드 그래프)을 만들 수 있습니다. SAM 파일을 찾을 수 있습니다.

이렇게 하면 폴더에 있는 모든 * 정렬 된. sam 파일에 대 한. 베드 그래프 파일이 작성 됩니다. 파일이 생성 되 면 4C 상호 작용을 분석 하기 전에 자체 결 찰 된 조각과 소화 되지 않은 조각을 제거 합니다. 예를 들어, CD83 (HindIII) 및 Tcrb Eb 증강 제 (NlaIII)에 미끼를 가진 데이터 세트는 4C ker의 사용을 보여주기 위해 사용 될 것입니다. 이러한 데이터 집합에 대 한 Count 파일은 data 폴더에서 찾을 수 있습니다. Cis 분석: 모든 실험에 대해 k = 10을 권장 합니다. X 및 Y 축 제한은 특정 영역을 확대/축소 하도록 변경할 수 있습니다. Ggplot 함수의 끝에 추가: ylim (시작, 종료) + xlim-서 열 읽기는 일반적으로 게놈에 있는 1 차 제한 효소 사이트에 인접 한 고유 서 열 단편으로 구성 된 감소 된 게놈에 매핑됩니다. 스크립트 (reduced_genome)는 사용자 정의 감소 게놈을 생성 하기 위해 제공 되었습니다 (이 필요 oligoMatch (ucsc 커맨드 라인 도구-켄트) 및 fastaFromBed (침대 도구)). Reduced_genome에서 13, 15, 17 행을 수정 하 여 단편, 일차 효소 및 게놈의 정확한 크기를 반영 합니다. 프래그먼트 길이는 판독 된 길이 (RE 시퀀스를 포함 하는 프라이 머의 바코드 + 크기 크기) 여야 한다.

또한 기본 효소 및 게놈에 대 한 FASTA (.fa) 파일이 필요 합니다 (파일은 .ssh 스크립트에서 제공 되는 내용에 따라 이름이 지정 되어야 합니다-예: mm10 및 hindiii. 파).

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